Si ofreces varios métodos de pago en tu tienda online, lo normal es que en la cuenta bancaria no veas los pagos individuales de cada cliente. PayPal, Stripe, Klarna, Mollie o Shopify Payments te transfieren importes netos agrupados. Una sola de estas liquidaciones puede incluir cientos o miles de ventas. Al mismo tiempo se descuentan comisiones de pago, reembolsos, contracargos, reservas, conversiones de divisa, correcciones y saldos negativos anteriores. Por eso el abono en el banco casi nunca coincide con las ventas de un día o de un mes.

Aquí empieza la contabilidad de las pasarelas de pago en el e-commerce. Una contabilidad correcta no solo tiene que explicar qué importe ha llegado a la cuenta bancaria. Debe mostrar sin huecos qué pedidos se han cobrado, qué créditos quedan saldados con ello, qué comisiones ha retenido el proveedor, qué reembolsos o disputas incluye la liquidación y qué saldo sigue en poder del proveedor de pagos.

El problema no afecta solo a los grandes vendedores. Con unos pocos cientos de pedidos al mes ya puedes estar usando en paralelo varias tiendas, marketplaces y proveedores de servicios de pago (PSP). Sin un modelo de conciliación único aparecen partidas abiertas, diferencias sin explicar y comisiones contabilizadas a tanto alzado. Para la asesoría, el cierre mensual se alarga sin necesidad, porque la misma operación económica aparece en varias fuentes de datos: en el pedido de la tienda, en la factura emitida, en el informe del proveedor de pagos y, más tarde, otra vez en el movimiento bancario.

Esta guía práctica explica cómo vendedores online y asesorías pueden montar un sistema único para la contabilidad de las pasarelas de pago de PayPal, Stripe, Klarna, Mollie y Shopify Payments, cómo funcionan en la práctica las cuentas puente y cómo se obtienen de ahí datos contables revisados. Los ejemplos usan los planes de cuentas alemanes SKR03/SKR04 e indican, como ejemplo habitual a validar con tu asesoría, las cuentas equivalentes del PGC.

Por qué la liquidación del proveedor de pagos no coincide con las ventas

La razón contable de fondo de las diferencias es que los proveedores de servicios de pago (PSP) actúan como intermediarios financieros. Si un cliente compra un artículo por 100 €, el proveedor retiene, por ejemplo, 2,50 € de comisión por transacción y deja 97,50 € disponibles para la liquidación.

Cuando las liquidaciones se agrupan por días, semanas o meses, varios factores hacen que el ingreso en el banco y las ventas se separen:

Liquidaciones agrupadas: una liquidación reúne varias ventas de días distintos.
Comisiones retenidas: comisiones por transacción, cuotas fijas y descuentos porcentuales se compensan antes del pago.
Devoluciones y contracargos: los reembolsos a clientes y los pagos anulados reducen el importe liquidado.
Reservas de seguridad: si ven riesgo, los proveedores retienen una parte de los ingresos como reserva durante 7 a 90 días.
Solapamiento de periodos: las ventas de final de mes a menudo no se liquidan hasta el mes siguiente.
Divisas: las conversiones de moneda (p. ej., de USD, GBP o CHF a EUR) generan diferencias de cambio.

Quien contabiliza el ingreso bancario directamente como venta reduce sus ventas brutas, omite gastos deducibles y calcula mal el IVA.

La solución: el modelo de cuenta puente

El método estándar en el e-commerce, conforme a las GoBD (normas alemanas sobre contabilidad digital), es el modelo de cuenta puente (Verrechnungskonto). Cada proveedor de pagos recibe su propia cuenta puente en el plan de cuentas (en el PGC, por ejemplo, una subcuenta de la 555 Partidas pendientes de aplicación).

El proceso de conciliación en tres pasos:

Paso 1 — Venta en la tienda / factura emitida (cliente a ventas): Con el pedido se registra el crédito de la factura:
- Debe: cuenta puente del proveedor de pagos (p. ej., PayPal 1361 en el SKR03)
- Haber: cuenta de ventas (p. ej., 8400 con 19 % de IVA alemán; en el PGC, 700 y 477)
Paso 2 — Informe de liquidación del proveedor (comisiones y devoluciones): Al importar el informe de pagos:
- Debe: gastos de servicios bancarios / comisiones (p. ej., 4970; en el PGC, 626)
- Debe: minoración de ventas / devoluciones (en el PGC, 708)
- Haber: cuenta puente del proveedor de pagos
Paso 3 — Abono bancario (banco a cuenta puente): Cuando el importe neto llega a la cuenta bancaria:
- Debe: banco (1200; en el PGC, 572)
- Haber: cuenta puente del proveedor de pagos

Una vez contabilizadas todas las ventas, comisiones, devoluciones y liquidaciones, el saldo final de la cuenta puente coincide exactamente con el saldo que todavía tiene el proveedor a la fecha de cierre.

Proveedor 1: contabilizar los pagos de PayPal

En muchas tiendas, PayPal es el método de pago más usado. Aun así, en contabilidad PayPal no se comporta como una cuenta bancaria: en la cuenta de PayPal se acumulan pagos de clientes, comisiones, reembolsos y retenciones antes de que llegue un solo euro a tu banco. Si solo contabilizas la transferencia de PayPal a la cuenta bancaria, pierdes justo esos movimientos.

¿Cómo se contabilizan correctamente los pagos de PayPal?

En resumen: contabiliza cada pago de PayPal por su importe bruto como venta, con contrapartida en una cuenta puente propia de PayPal. La comisión retenida va a gastos de servicios bancarios y la transferencia a tu cuenta bancaria es un traspaso de la cuenta puente de PayPal al banco. A final de mes, el saldo de la cuenta puente de PayPal tiene que coincidir con el saldo del extracto de PayPal.

Un ejemplo con una venta de 119,00 € brutos, es decir, 100,00 € netos más un 19 % de IVA alemán. La comisión de 3,25 € es un valor elegido para el ejemplo. Tu comisión real figura en la línea de cada transacción.

Operación	Debe	Haber	Importe
Pago del cliente a través de PayPal	Cuenta puente PayPal	Ventas al 19 % de IVA (SKR03 8400 / SKR04 4400)	119,00 €
Comisión de PayPal retenida	Gastos de servicios bancarios (SKR03 4970 / SKR04 6855)	Cuenta puente PayPal	3,25 €
Transferencia a tu cuenta bancaria	Banco (SKR03 1200 / SKR04 1800)	Cuenta puente PayPal	115,75 €

Tras estos tres asientos, la cuenta puente de PayPal queda a 0,00 € para esta operación. El IVA de 19,00 € se calcula sobre la venta bruta de 119,00 €. Que se liquide menos no cambia nada. Si tu asesoría trabaja con las cuentas automáticas de DATEV, el impuesto se desglosa directamente en la cuenta de ventas; en el PGC, la venta se reparte entre la 700 y la 477. Si contabilizas las facturas emitidas a través de cuentas de clientes, el pago de PayPal salda en su lugar el crédito pendiente.

Lo mejor es fijar una vez con tu asesoría qué número de cuenta recibe la cuenta puente de PayPal. En este artículo se usa como ejemplo la 1361.

Contabilizar las comisiones de PayPal: cuenta e IVA

PayPal descuenta la comisión directamente del pago. No hay un cargo separado, así que la comisión solo aparece en el informe de PayPal. Puedes contabilizarla por transacción o como total mensual revisado a partir del informe, siempre que uses una sola fuente. Si contabilizas las comisiones desde el informe de actividad y además desde un resumen mensual, las registras dos veces.

Sobre el IVA de las comisiones de PayPal no hay una respuesta general. Depende de qué sociedad de PayPal te factura las comisiones y de cómo se califique el servicio a efectos de IVA. Pueden entrar en juego una exención para determinados servicios de pago (en Derecho alemán, el § 4 Nr. 8 UStG) y, en servicios sujetos prestados por un proveedor de otro país de la UE, la inversión del sujeto pasivo (en Derecho alemán, el § 13b UStG). Revisa la liquidación de comisiones de PayPal y fija el tratamiento una vez con tu asesoría. Después contabilizas igual todos los meses.

Reembolsos, protección del comprador y contracargos

Si devuelves a un cliente el precio de compra a través de PayPal, inviertes el asiento de la venta:

Operación	Debe	Haber	Importe
Reembolso al cliente	Minoración de ventas al 19 % de IVA (SKR03 8720 / SKR04 4720; PGC 708)	Cuenta puente PayPal	119,00 €

Con ello también baja el IVA de la venta original. Que PayPal devuelva en un reembolso toda la comisión original, una parte o nada depende de las condiciones de comisiones vigentes en cada momento. Lo ves en la columna de comisiones de la línea del reembolso en el informe. Si ahí figura un abono, lo contabilizas contra la cuenta de comisiones. Si la columna está vacía, la comisión sigue siendo gasto.

En un caso de protección del comprador o en un contracargo de tarjeta, PayPal suele retener primero el importe. Mientras el caso esté abierto, el dinero está bloqueado, pero todavía no es una pérdida definitiva. Por eso, registra la retención en la cuenta puente de PayPal o en una subcuenta propia para retenciones. Si el caso se resuelve en tu contra, lo contabilizas como un reembolso. Una comisión adicional por la disputa va a la cuenta de comisiones.

Pagos de PayPal en divisa extranjera

Si vendes en dólares, libras o francos suizos, PayPal convierte el importe a euros al momento o mantiene un saldo en la divisa extranjera. Ambas opciones se pueden contabilizar con limpieza:

Conversión inmediata: en el informe aparecen el importe en divisa, la conversión y el importe en euros como líneas separadas. La venta se contabiliza en euros.
Saldo en divisa: lleva una subcuenta por cada divisa. Si más adelante conviertes el saldo a euros, contabilizas la diferencia como gasto por diferencias de cambio (SKR03 2150 / SKR04 6880) o como ingreso por diferencias de cambio (SKR03 2660 / SKR04 4840).

A efectos de IVA, el Derecho alemán prevé en principio convertir los importes en divisa al tipo de cambio medio mensual que publica el Ministerio Federal de Finanzas alemán (§ 16 Abs. 6 UStG); en España, acuerda el tipo aplicable con tu asesoría. Comprueba además en la tabla de comisiones vigente si PayPal cobra el coste de la conversión como comisión separada o lo incluye en el tipo de cambio. Si va incluido en el tipo, en tu contabilidad aparece como diferencia de cambio.

¿Qué informe de PayPal necesitas para la contabilidad?

De tu cuenta business de PayPal necesitas cada mes dos archivos. Ambos se describen en la ayuda de PayPal sobre extractos e informes (página en alemán):

El extracto mensual: en la página de extractos, pulsa «Solicitar» en el mes que quieras y descárgalo. Acredita el saldo inicial y el final.
Un informe de actividad en CSV: en «Actividad», elige el icono de descarga y «Personalizado». El informe contiene pagos, comisiones, reembolsos y transferencias uno por uno. Cada solicitud abarca como máximo doce meses.

Asigna cada línea mediante el ID de transacción de PayPal o el número de pedido de tu tienda. A final de mes, compara el saldo de tu cuenta puente de PayPal con el saldo final del extracto. Si no coinciden, lo habitual es que falte una comisión, un reembolso o una transferencia que solo aparece en una de las dos fuentes.

Errores típicos con PayPal

Falta el número de pedido en el informe: según la conexión de la tienda, el número de pedido no aparece en todas las líneas de PayPal. Entonces el ID de transacción es la única clave, y tu tienda tiene que guardarlo junto al pedido.
Solo se contabiliza el abono bancario: si solo contabilizas la transferencia de PayPal al banco, pierdes las comisiones y los reembolsos como operaciones separadas y declaras menos ventas de las reales.
Pagos privados y profesionales mezclados: si por la misma cuenta de PayPal pasan también pagos privados, tienes que separar cada uno como aportación o retirada personal. Una cuenta profesional propia te ahorra este trabajo.

Proveedor 2: contabilidad de Stripe y conciliación de payouts

Stripe trabaja con un sistema de pagos (payouts) estricto, en el que todas las transacciones se asignan a un identificador único po_ (payout ID).

Los tipos de transacción más importantes de Stripe:

charge: pago del cliente (importe bruto).
stripe_fee: comisión por transacción retenida por Stripe.
refund: reembolso al cliente.
adjustment / dispute: contracargos y comisiones por disputa.

Conciliación de Stripe:

Cada informe de payout de Stripe asigna los ingresos brutos, las comisiones y los reembolsos a la transferencia neta correspondiente. Al conciliar el payout_id con el abono bancario, el saldo de la cuenta puente de ese lote queda saldado automáticamente.

Proveedor 3: contabilidad de Klarna e informes de liquidación

Klarna abarca el pago por factura, el pago a plazos y la transferencia inmediata. Como Klarna asume el riesgo de impago, se aplican plazos y estructuras de comisiones específicos.

Particularidades de Klarna:

Archivos de liquidación: Klarna ofrece archivos CSV de liquidación semanales o diarios que contienen pedidos, comisiones del vendedor, deducciones por devoluciones y referencias de pago.
Conciliación por número de factura: los pagos de Klarna remiten al número de factura del vendedor o al ID de pedido de Klarna.
Reservas retenidas: con vendedores nuevos, Klarna suele retener reservas de seguridad, que deben llevarse en una cuenta de crédito separada.

Proveedor 4: Mollie y pasarelas multipago

Mollie agrupa distintos métodos de pago (iDEAL, tarjeta, Bancontact, Sofort, Klarna) en una única liquidación.

Así se concilia Mollie:

Como Mollie reúne distintos métodos de pago en un mismo abono bancario, el informe de liquidación debe desglosarse por método de pago. Cada asiento individual se asigna al pedido original de la tienda, mientras que las comisiones se imputan a la cuenta de gasto que corresponda.

Proveedor 5: contabilidad de Shopify Payments

Shopify Payments se basa técnicamente en la infraestructura de Stripe, pero está integrado directamente en el panel de administración de Shopify.

Puntos importantes de Shopify Payments:

Informes de pagos: los informes se exportan desde el panel de Shopify o mediante la API y contienen números de pedido, importes brutos, comisiones y pagos netos.
Comisiones por conversión de divisa: en las ventas al extranjero a través de Shopify Markets, Shopify cobra comisiones por conversión de divisa de entre el 1,5 % y el 2 %, incluidas en las tarifas por transacción.
Canje de tarjetas regalo: los pedidos pagados con tarjetas regalo de Shopify no generan pago, sino que reducen la cuenta de pasivo por tarjetas regalo pendientes.

Shopify Payments tiene suficientes particularidades frente a los demás proveedores como para llenar un artículo propio: la conciliación completa está en contabilidad de Shopify.

Comparativa de proveedores de pago

Proveedor de pagos	Identificador principal para conciliar	Momento del descuento de comisiones	Informe más importante
PayPal	ID de transacción / campo personalizado	Por transacción	Extracto e informe de actividad (CSV)
Stripe	Payout ID (`po_...`)	Por transacción / payout	Payout Balance Summary
Klarna	Referencia de liquidación	Por lote de liquidación	Klarna Settlement CSV
Mollie	ID de liquidación (`stl_...`)	Por lote de liquidación	Informe de liquidación de Mollie
Shopify Payments	Payout ID	Por lote de liquidación	Exportación de pagos de Shopify

Los marketplaces y las tiendas siguen el mismo principio. Cómo registrar las comisiones de eBay sin duplicar asientos lo explica la guía de contabilidad de eBay. Para tiendas con WooCommerce hay siete casos de comprobación en el artículo sobre contabilidad de WooCommerce.

Entrega de los datos a la asesoría

Tanto si tu asesoría trabaja con a3, Sage, Holded o Contasol como con DATEV Kanzlei-Rechnungswesen, los datos deben convertirse en asientos estructurados:

Referencia del justificante: número de pedido o ID de transacción en la referencia del justificante (en DATEV, el Belegfeld 1) para el punteo automático de partidas abiertas.
Asignación de cuentas (PGC o SKR03 / SKR04): cuentas puente separadas por proveedor (p. ej., en el SKR03 1361 PayPal, 1362 Stripe, 1363 Klarna; en el PGC, subcuentas propias, por ejemplo de la 555).
Códigos de IVA de las comisiones: registro de las comisiones de los proveedores de pago con los códigos adecuados (IVA soportado, exención o inversión del sujeto pasivo con proveedores extranjeros como Stripe Payments Europe en Irlanda; desde la perspectiva alemana, según el § 13b UStG).

Cómo te ayuda KudTax con la contabilidad de las pasarelas de pago

Juntar cada mes en Excel los CSV de varios proveedores de pago lleva tiempo, y al copiar y pegar se cuelan errores. KudTax se encarga de este trabajo con los datos:

Conexiones: PayPal y Stripe están conectados directamente. Qué otros proveedores de pago puedes conectar lo muestra el resumen de integraciones.
Conciliación con IA: pedidos de la tienda, facturas y liquidaciones se asignan entre sí. Lo que no encaja con claridad queda visible como diferencia abierta y se aclara antes del cierre mensual.
Cuentas puente: se facilita la conciliación de la cuenta puente propia de cada proveedor de pagos.
Exportación contable: al final obtienes una exportación según el PGC para a3, Sage, Holded o Contasol, o archivos DATEV EXTF, con datos contables y referencias de justificantes que tú o tu asesoría revisáis antes de importarlos.

En qué fijarte al comparar soluciones de este tipo lo encontrarás en la guía elegir software de contabilidad para e-commerce. Si ya no quieres conciliar tus proveedores de pago a mano, puedes probar KudTax gratis.

Fuentes oficiales y enlaces complementarios

Nota: este artículo tiene fines informativos generales para asesorías y vendedores online y no constituye asesoramiento jurídico ni fiscal formal.

Contabilizar pasarelas de pago: PayPal, Stripe, Klarna y Mollie